Cốt truyện của Deemo gồm tất cả 14 phân cảnh và được mở lần lượt trong quá trình chơi theo tiến độ lớn dần của cây.
Phần 1 - Deemo cô đơn[]
- Deemo một mình bước đi trong không gian tĩnh lặng. Bên trong đôi mắt sâu thẩm kia chứa đựng những gì? Không ai có thể biết. Nỗi cô đơn chăng? Một nỗi cô đơn trải dài trên từng đường kẻ, treo hờ hững trên khóa son in trên những tờ soạn nhạc đang rơi nhè nhẹ như những hạt mưa, trải khắp sàn nhà.
Đây là cảnh đầu tiên trong cốt truyện, tự động mở khi người chơi lần đầu vào game. Nhạc nền là bài Untitled2 sau này sẽ được mở cho người chơi.
Phần 2 - Cô bé đang rơi[]
- Bên chiếc đàn piano thân thuộc, Deemo vẫn dạo những khúc nhạc u sầu. Nhưng rồi một hôm, đột nhiên từ trên đỉnh của tòa lâu đài, Deemo ngỡ ngàng khi nhìn thấy một cô bé đang rơi xuống từ khung cửa sổ, không hề do dự, anh dang vòng tay rộng lớn của mình đỡ lấy cô bé. Hai người trò chuyện với nhau, nhưng dường như, ký ức của cô bé đã bị phai mờ. Deemo nắm lấy bàn tay bé nhỏ của cô bé và hứa sẽ giúp cô tìm lại ký ức và đưa cô trở về thế giới của mình.
Cảnh này được mở cùng với bài hát Nine point eight.
Phần 3 - Nảy mầm[]
- Từ khi cô bé đặt chân đến thế giới kì diệu này, cạnh chiếc piano thân thuộc mà Deemo vẫn đàn hằng ngày đột nhiên lại xuất hiện một mầm cây nhỏ vừa chớm mọc. Nhìn mầm cây và cô bé chợt nghĩ cô có thể trở về thế giới của mình nếu mầm cây bé nhỏ kia lớn dần và um tùm hơn, leo lên tán cây cao nhất của nó thì cô có thể vươn tới ô cửa sổ cao vời vợi kia. Nhưng kì lạ thay, mầm cây ấy phản ứng với tiếng đàn của Deemo và chỉ to cao thêm khi Deemo chơi đàn. Và thế là hành trình tìm tới tia hi vọng đưa cô bé trở về thế giới của mình bắt đầu.
Cảnh này được mở sau khi cây đạt 2m.
Phần 4 - Lớn dần[]
- Nhờ tiếng đàn êm đềm và quyết tâm của Deemo, mầm cây bé nhỏ kia đang dần trưởng thành qua từng ngày. Giờ đây nó đã trở thành một cái cây vững vàng và to lớn mà Cô bé không thể nào với tới những chiếc lá của nó được nữa...
Cảnh này được mở sau khi cây đạt 4m.
Phần 5 - Em nhớ nhà[]
- Deemo và Cô bé đang nhìn cái cây từ xa...Cái cây thật cao.... Nó gần như chạm tới cái cửa sổ mà cô bé rơi xuống. Nó xuất hiện dường như làm cho cô bé nhớ ra được điều gì đó và bắt đầu khóc trong khi Deemo cố gắng an ủi cô.
Cảnh này được mở sau khi cây đạt 10 mét. Giai điệu nhạc nền có chút giống với giai điệu bài Sairai.
Phần 6 - Trổ hoa[]
Phần 7 - Lá rơi[]
Phần 8 - Nó dẫn đến đâu[]
Phần 9 - Cái cây mới[]
Phần 10 - Chiếc chìa khóa[]
Phần 11 - Cô không thể đi[]
Phần 12 - Về nhà[]
Phần 13 - Từ biệt[]
Phần 14 - Nơi anh không còn[]
After Story (The Last Recital)[]
Phần 15 - Một ngày nữa[]
Cô bé tỉnh dậy trong căn biệt thự của mình. Một ngày mới bắt đầu...
Phần 16 - Thực tại?[]
Cô bé tìm thấy căn phòng mà trước đây Hans đã từng chơi piano...
Phần 17 - Cô gái mang mặt nạ[]
Khi cô bé lên trên sân thượng của biệt thự, cô tìm thấy một bản nhạc. Cô chơi nó, và một mảnh của chiếc mặt nạ rơi xuống...
Cô tìm thấy thêm một chiếc áo choàng màu trắng. Một phần của chiếc áo cho thấy cái tên "Celia".
Những mảnh còn lại của chiếc mặt nạ bay xung quanh chiếc giường, cùng với tấm hình đã gợi lại cho cô những kỉ niệm về người anh trước đó...
Phần 18 - Tái sinh[]
Kết truyện #1: Cô quyết định mang chiếc mặt nạ vào và trở thành "Cô gái mang mặt nạ". Không muốn chấp nhận những gì đã thực sự xảy ra với người anh của mình, cô đã cố quên đi hiện thực khi bước vào thế giới của Deemo.
Kết truyện #2: Chiếc mặt nạ chói sáng sau khi bị cô phá hủy, làm cô ngất đi. Một thời gian sau, cô lại tỉnh dậy trong bệnh viện. Một dòng thời gian mới đã được tái sinh.